精读1篇文献胜过泛读1万篇文献。
这个合集只适合静下心来仔细学习，吃快餐打发时间的可以走了。现在就和小编一起庖丁解牛式地阅读文献。
上集回顾：上集说到SARS-Cov-2的NSP5蛋白通过两种***的机制抑制干扰素通路。1）NSP5切割RIG-I的N端第10位D残基；2）NSP5作为E3泛素连接酶促进MAVS的K136位发生K48类型的泛素化降解。
虽然这是一篇很老的文章，但是毕竟“真情不长久，套路永流传”。这篇文章研究干扰素的切入点和第一集不一样，套路值得参考。
图1***：
在SFV4（semliki forest virus，一种甲病***）感染的细胞中，很大部分nsp2定位在核基质中，nsp2的核定位序列由一个核心的九肽 （A645LPRRRVTWN）组成。nsp2核定位序列的第二个R残基突变为D 导致nsp2不能定位到核中，将nsp2核定信号的R突变为D的病***命名为SFV4-RDR。这篇文章的目的就是研究I型IFN在***SFV4-RDR病***复制中的作用。
首先，作者用SFV4野***或SFV4-RDR突变***以0/05moi感染BHK、IFNAR-/-、B6 MEF或wt sv129细胞（图1A和1B）。BHK和IFNAR-/-细胞不能产生干扰素，B6 MEF和wt sv129细胞能产生干扰素。于是作者发现SFV4和SFV4-RDR在不能产生干扰素的细胞中复制能力相似，但SFV4-RDR突变***在能产生干扰素的细胞中复制能力降低了。于是作者又在四种细胞中做了空斑，发现SFV4和SFV4-RDR在不能产生干扰素的细胞中形成的空斑大小一致，但SFV4-RDR突变***在能产生干扰素的细胞中产生空斑更小（图1C）。说明，干扰素能够***SFV4-RDR的复制。这篇文章的核心切入点是在能够产生干扰素和不能产生干扰素的细胞中比较野***和突变***的复制能力以及形成的空斑大小。如果大家想要知道不同病***突变株对干扰素的敏感性是否有差异，也可以套路这个模式。
图1：SFV4-RDR在I型IFN健全的细胞中致弱
图2***：
作者用SFV4野***或SFV4-RDR突变***感染wt sv129细胞，q-PCR检测发现SFV4-RDR感染诱导更高水平的IFNβ的mRNA表达（图2A）。ELISA检测发现SFV4-RDR的sv129细胞上清中Ⅰ型感染素和TNF-α水平更高（图2B和2C）。说明SFV4-RDR突变***感染不仅诱导更高水平的干扰素，其他细胞因子表达也会升高。
图2：SFV4-RDR感染MEF细胞诱导更高水平的干扰素表达
图3***：
图2证明了SFV4-RDR感染MEF细胞诱导更高水平的干扰素和其他细胞因子，已知SFV4能够抑制宿主基因转录并且抑制宿主蛋白翻译。因此作者肯定要比较一下SFV4-RDR突变***和SFV4野***在抑制宿主基因转录并且和抑制宿主蛋白翻译的能力上是否有差异。因此作者用q-PCR方法检测了SFV4-RDR突变***和SFV4野***感染时β-actin和GAPDH的mRNA水平（图3A），用C14标记的方法检测了42S病***基因组RNA和26S病***亚基因组mRNA的以及宿主mRNA（图3B和3C），发现SFV4-RDR突变***和SFV4野***都能抑制宿主RNA转录，但两种***之间不存在差异。
图3：SFV4-RDR和SFV4抑制宿主RNA转录的能力一致
图4***：
既然SFV4-RDR突变***和SFV4野***抑制宿主RNA转录的能力没有差异，自然而然下一步就是比较两种***抑制蛋白翻译的能力是否有差异了。因次作者用WB检测了SFV4-RDR突变***和SFV4野***感染MEF细胞时，病***蛋白p62、E1、capsid和宿主蛋白actin的表达情况，发现SFV4-RDR突变***和SFV4野***抑制蛋白翻译的能力没有差异（图4A和4B）。图4C中的eIF2α在内质网的非折叠蛋白应答通路中起到关键作用，eIF2α***酸化水平越高，蛋白翻译抑制程度越高，也是为了说明SFV4-RDR突变***和SFV4野***在抑制蛋白翻译上没有差异。
图4：SFV4-RDR突变***和SFV4野***抑制蛋白翻译的能力没有差异
图5***：
前面的数据表明，SFV4-RDR突变***诱导更高水平的干扰素和细胞因子，但问题不是出在抑制转录和抑制翻译的能力上，因此作者把关注点放到了IRF3和NF-κB p65这两种转录因子上。不幸的是，SFV4-RDR突变***和SFV4野***感染都不能抑制IRF3和NF-κB p65入核（图5A和5B）。
图5：SFV4-RDR突变***不能抑制IRF3和NF-κB p65的核转位
总结：这篇文章套路的关键切入点是SFV4-RDR突变***和SFV4野***在能产生干扰素的细胞中有复制差异，但在不能产生干扰素的细胞中有复制能力没有差异。于是q-PCR和ELISA检测发现SFV4-RDR突变***感染MEF细胞诱导更高水平的IFNβ和其他细胞因子。然而SFV4-RDR突变***和SFV4野***在抑制基因转录、抑制蛋白翻译和激活IRF3和NF-κB p65的入核能力上没有差异。所以，其实这篇文章做的非常简单，只有一个表面的现象，具体的机制不清不楚的。
免责声明：
1. 《庖丁解牛看文献（第二集）我走过最长的套路是干扰素通路》内容来源于互联网，版权归原著者或相关公司所有。
2. 若《36120132文库网》收录的文本内容侵犯了您的权益或隐私，请立即通知我们删除。